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El emblema del Instituto es la reproducción de una de las naves existentes en el conjunto de Pinturas Rupestres del Abrigo "Laja Alta" del término de Jimena de la Frontera. Sobre ella ocho estrellas de seis puntas, en representación de los siete municipios que constituyen la Comarca, junto con Gibraltar. Este dibujo se ve completado con la leyenda: INSTITUTO DE ESTUDIOS CAMPOGIBRALTAREÑOS.